荧光分光光度计在使用时，需要注意开机次序，以保护设备之间不受影响。荧光光谱仪开机顺序一般为先开氙灯，然后开仪器主机，后开跟仪器连接的计算机。如此操作的原因在于稳态氙灯是高压点亮，为了避免瞬问脉冲电流对周围设备造成影响，需要先开氙灯，等电流稳定后再打开周边的电脑等设备。关机顺序则相反。 荧光定量分析多采用工作曲线法，即以已知量的标准物质，按试样相同方法处理后，配成一系列标准溶液，测定其相对荧光强度和空白溶液的相对荧光强度；扣除空白值后，以荧光强度为纵坐标，标准溶液浓度为横坐标，绘制工作曲线；然后将处理后的试样配成一定浓度的溶液，在同一条件下测定其相对荧光强度，扣除空白值后，从工作曲线上求出荧光物质的含量。
如何选择荧光分光光度计的滤光片？
在进行发射图谱扫描分析时，根据斯托克斯定律，设置的激发波长要比发射波长短，例如，激发波长λex=260nm，则发射起始波长应该从大于260nm的波长开始，比如270nm，发射结束波长为870nm。这样一来，在激发光的2倍波长(520nm)、3倍波长(780nm)处都会出现激发波长的尖锐的倍频峰，若与荧光光谱峰重叠，将会对测试产生干扰，需选用合适的滤光片将其滤掉。
倍频峰就是激发光的散射峰，虽然波长扫描到双倍波长的时候出现，但实际波长却是激发波长，可以通过增加高通滤光片来去除倍频峰。高通滤光片一般放在发射处，片上都标明其可以滤除的大波长。也就是说，体系中增加高通滤光片后，比其上所标波长低的光，也包括这些光的二倍波长光、三倍波长光，会被滤掉；而比其所标波长高的光则可以顺利通过。
